All’interno dello spazio sacro e nell’ambito della liturgia, la musica ha sempre avuto un ruolo di primo piano, sia quando accompagnava le azioni liturgiche che nel diventare supporto per parole delle preghiere. L’organo è il principe degli strumenti utilizzati per la liturgia, ben rappresentato da due importanti e antichi esemplari conservati nel Museo, ossia due organi portativi – adatti cioè ad essere portati in processione – risalenti al pieno Settecento. Il più antico proviene dall’Oratorio della Morte di Genova-Voltri, ed è uno strumento ancora intatto in tutte le sue parti, attualmente in corso di restauro. Di poco più tardo è l’organo proveniente dalla Chiesa delle Scuole Pie, munito di pedaliera e tuttora utilizzato durante i concerti. 

Infine, ritroviamo gli strumenti musicali in diverse raffigurazioni ad affresco o sui dipinti: dal corteo dei musici all’interno della rappresentazione del mese di Giugno nel ciclo dei Mesi (inizio XIII secolo), alla schola cantorum  – che ricorda la presenza documentata di una Cappella musicale dentro il Chiostro – che accompagna la rievocazione della consacrazione della Cattedrale di San Lorenzo, nel grande affresco dei Fasti dei Canonici (XVIII secolo).